三明市农业科学研究所，是三明市唯一的一所综合性农业科研机构，属财政全额拨款公益型事业单位。其历史可追溯到1961年成立的三明专区农业科学研究所，从小到大，由弱至强，至今已走过50周年的发展历程。
　　按照时间的顺序和三明行政管理体制的变动，三明市农业科学研究所的发展历程，大体上可划分为：专区农业科学研究所、地区农业科学研究所和市农业科学研究所三个阶段。1997年机构级别从副处级事业单位升格为正处级事业单位。
　　三明市农业科学研究所阶段从1983年2月至今已28年，是出成果、出人才、为社会做贡献和两个文明建设全面大丰收的阶段。2011年12月，再次被评为省级文明单位。现有在职人员95人，其中高级职称22人，中级职称33人，全国优秀科技工作者1人，福建优秀专家1人，国务院政府特殊津贴2人，三明市优秀人才2人,三明市拔尖人才5人。
　　围绕“出成果、出人才、出效益，服务三农”的发展目标，大力推进“科研强所、人才兴所、精神固所、环境美所、和谐建所”的进程，以改善基础设施建设为基础，以创新为载体，以新品种选育为突破口，经过多次调整，三明市农科所已成为农作物育种为中心多学科配套发展的综合科研单位。现设：水稻育种、生物技术、蔬菜、花卉、旱作5个研究中心和办公室、科管科、后勤中心3个行政科室。现有三明市蔬菜技术推广站、三明市生物医药服务中心、省科技创新平台、国家现代农业产业技术体系——三明水稻综合试验站、国家原原种繁育基地等国家、省、市农业科技服务和创新平台，这为三明市农科所再创辉煌打下了坚实的基础。
“十一五”成果
　　一、以水稻育种为重点，不同专业研究取得新突破。
　　水稻育种方面，“十一五”以来共承担了省级以上重大科研项目14项，育成通过国审品种4个，育成通过省级审定（鉴定）新品种共33个，有17个品种获得国家植物新品种权保护证书，有7个品种获得植物新品种权保护公告。有3项成果获省科技进步一等奖，有1项成果获“全国农牧渔业丰收奖农业技术推广成果奖”二等奖，有4项成果获市科技进步一等奖。
　　蔬菜育种方面，有4个辣椒品种和4个黄瓜品种通过省级认定（鉴定），育成的辣椒新品种“神椒一号”经台湾奇丽辣椒博物园检测，其辣度是普通辣椒的4到5倍，为目前国内辣椒之最。
　　旱作研究方面，育成全省第一个青贮玉米品种明青贮1　号，并通过福建省农作物品种审定。
　　花卉研究方面，荣获“第七届中国花卉博览会福建展团贡献奖”及第二届、第三届中国福建花王评选暨花卉精品展金、银、铜等多个奖项，制订了福建省地方标准《盆栽红掌保护地栽培技术规程》与《主要盆栽观赏凤梨保护地栽培技术规程》，成为我省山区高档盆栽花卉重要的研发基地。
　　生物技术研究方面，成功组培出大花蕙兰、红掌、白掌、非洲菊、金线莲、铁皮石斛等名优花卉及中草药种苗供生产上推广应用，组建了我省地市农科所首个分子生物学实验室。
　　二、以“六三种业”为龙头，不断加快科技成果转化步伐。
　　2001年10月，三明市农科所通过牵头创办福建省六三种业有限责任公司，实现了由单一科研向科研、开发相结合相促进的转变。“十一五”以来，通过不断开拓创新，六三公司先后入选为省级农业产业化重点龙头企业、国家级高新技术企业，“淘金”牌水稻种子成为省名牌产品，“六三”字号被福建省工商局认定为福建省企业知名字号。目前公司在福建、湖南、广西等建立了2万亩稳固的杂交水稻制种基地，在南方稻区16省建立了26个水稻新品种筛选试验点，销售区域覆盖南方稻区14个省区市，年生产、经营种子达400万公斤，年销售收入6000多万元。
　　在开拓国内市场的同时，六三公司还积极开拓国际市场，在非洲、东南亚等国家和地区进行了新品种筛选和试种。2009年由我所育成的国审水稻新品种Ⅱ优1259在马里首试成功，产量达10吨/公顷，比马里水稻4吨水平提高一倍以上，继上世纪八十年代“汕优63”漂洋过海，被泰国、越南、印度等地农民誉为“中国神稻”之后，由我所育成的水稻新品种再一次在国外落地生根，为世界粮食安全做出了重要贡献。
　　三、以“公益性”为导向，开展不同形式的社会化服务。
　　一是通过科技示范、科技下乡、流动党校、驻村帮扶、村所共建等多种形式，积极开展服务“三农”工作。二是成立了“三明市蔬菜技术推广站”和“三明市生物产业技术服务中心”，为农业产业化发展提供决策咨询与技术服务。三是积极推进校（院）所合作，为福建农林大学、三明学院、广西贺州学院、福建林业职业技术学院等省内外农林高等院校开辟“教学实习基地”。四是主办《三明农业科技》科技期刊，并创建“三明市农科所网站”，用于传播农业科技知识。五是规划建设了科普园，每年免费接待中小学、幼儿园参观学生3000余人次，先后被福建省科协、省委宣传部确定为“福建省科普教育基地”、“福建省科普旅游定点单位”；2011年12月，被福建省科协评为福建省“十佳科普示范基地”。
目标更高
　　2011年10月，三明市委常委会议同意三明市农业科学研究所更名为“三明市农业科学研究院”，上报省里审批；三明市政府常务会议原则同意《三明市农业科技创新中心建设项目的实施方案（送审稿）》。会议要求，要高起点规划，高标准建设，打造融资运作平台，整合农业科研机构，推进科技成果转化，逐步建成国内有影响力的综合性现代农业科技创新中心。该中心规划区域面积400亩，其中农业科技创新中心大楼拟占地面积1300平方米，楼高16层，总建筑面积1.26万平方米，总投资3000多万元，集科研、试验、教学、培训、展示等多功能于一体。中心的建成将为我市农业科技发展提供一个综合性的研发平台。
十 大 成 果
　　1、育成全国推广面积最大、应用时间最长、效益最显著的杂交水稻组合汕优63；
　　2、育成我国杂交水稻组合配制中应用最广、抗瘟性持续时间最长、效益最显著的恢复系明恢63，也是我国杂交水稻恢复系选育中遗传贡献最大的优良种质资源，对我国杂交水稻的更新换代起到里程碑的作用；
　　3、育成的杂交水稻组合II优明86，是我国国内第一个进行产权交易的品种，也是福建省第一个通过农业部植物新品种保护的品种；
　　4、育成国内第一个打破世界再生稻高产记录的杂交水稻组合汕优明86；
　　5、牵头组建福建六三种业有限责任公司，公司已成为福建省规模最大的“育、繁、推一体化”的种业企业、国家高新技术企业和福建省农业产业化龙头企业；
　　6、创建山区中高档盆栽花卉研发基地，成为福建省重要的花卉研发基地；
　　7、育成我国国内第一辣的辣椒杂交品种“神椒一号”；
　　8、创建三明市花卉、中草药生物组培基地，并被三明市政府确定为“三明市生物医药服务中心”；
　　9、连续两届被农业部评为“植物新品种保护先进单位”，是福建省唯一获得国家农业部、国家知识产权局、国家林业局联合表彰的“植物新品种保护先进单位”。
　　10、获国家科技进步一等奖1项、福建省科技进步一等奖5项，是省内获得高级别科技成果奖最多单位之一。